Pues al parecer el problema surge al momento de instatar mysql-server (sudo apt-get install mysql-server usando ubuntu) que al crear los archivos ibdata# e ib_logfile# estos se crean con los permisos erroneos. Lo mas intrigante es que mysql no informa de este problema al iniciarse.

Entonces, el problema se resuelve asi:

Primero, debes detener mysql y lo haces con el siguiente comando:

sudo service mysql stop

Luego, dirigete al siguiente directorio:

cd /var/lib/mysql

Ejecuta ls para ver los archivos del directorio:

Resultado de ls en /var/lib/mysql/

Ahora saca una copia de los archivos ibdata# e ib_logfile#. El signo # es porque pueden haber mas de uno. La copia la realizas de la siguiente forma:

//cp _archivo_original archivo_copia
cp ibdata0 ibdata0.bak
cp ib_logfile0 ib_logfile0.bak

Luego borra los archivos ibdata# e ib_logfile# originales. Lo haces de esta manera:

//rm _archivo1 archivo2 archivo3
rm ibdata0 ibdata1 ibdata2 ib_logfile0 ib_logfile1 ib_logfile2

Ahora arrancas mysql:

sudo service mysql start

Puedes verificar que InnoDB esta activado desde phpMyAdmin o conectandote a MySQL desde la terminar:

mysql -u root -h localhost -p
password: *********
show engines;

Esta es una extensión a la explicación del siguiente post How To Fix: InnoDB has been disabled for this MySQL server.